با شهادت جانگداز امام صادق(ع)فرزندش امام موسي بن جعفر عليه السلام در سن بيست سالگي مسؤوليت بزرگ امامت و هدايت امّت را در يکي از بحرانيترين دورانها به دوش گرفت.
زمان امامت آن حضرت کمی بیش از سى و پنج سال بود و مدت امامت آن حضرت از همه ائمه بيشتر بوده است .
ایشان درمکتب امام صادق مراحل رشد و کمال را پشت سر گذاشت و مرحله نوجواني و جواني را طي نمود.
یکی از حوادث مهم دوران جواني آن امام، مرگ نابهنگام برادر بزرگترش اسماعیل، بود که پس ازاو گروهي معتقد به امامت اسماعيل بوده وفرقه اسماعیلیه ازاینجاشکل گرفت.
از مشکلات روزهاي نخستين امامت موسي بن جعفر عليه السلام هم ادّعاي امامت دروغين برادر بزرگتر ایشان، عبداله افطح بود که گروهي را به دنبال خود کشيد و فرقه فطحيه را شکل داداما با برخورد روشنگرانه امام، عبدالله با شکست روبرو شد.
دوران سي و پنج ساله امامت موسي بن جعفر مصادف بود با اوج قدرت حکومت بنی عباس و چهار تن از حاکمان عيّاش و خونآشام عباسي بهنامهای منصوردوانیقی/مهدی وهادی عباسی/ وهارون الرشید که حضرت نيز به فراخور شرايط زمانيِ هر يک، وظيفه سنگين امامت و هدايت امّت را به بهترين شکل ممکن به دوش کشيد
امام موسی کاظم عليه السلام برای جلوگيري از انحراف جريان امامت تلاش مستمر خويش را عمدتا در 5محور متمرکز ساخت / هرچند با حوادث سهمگين و خونيني همچون واقعه فخ و شهادت مظلومانه گروهي از آل علی(ع) روبرو شد.
تبليغ دين خداوند و گسترش فرهنگ اسلام درقالب احادیث/ پاسخ به سوالات شفاهي و کتبي/تربیت شاگردان بزرگ درمیدان علم وعمل/ مبارزه باحاکمان جوروشکستن ابهت پوشالی آنان/تربیت یارانی مانندعلی بن یقطین ونفوذ دادن آنان در مراکز حساس حکومتي برای خنثيسازي نقشههاي مخرب و دينسوز دشمنان، کمک به مظلومان و محرومان و دفاع از حريم شيعيان/ ساماندهي امت با شيوههاي مختلف تربیتی/ عملي ومناظرههاي سياسي/مهمترین محورهای مبارزاتی امام درتبلیغ دین بودو در مواقع لازم از معجزه/دعای مستجاب و بهکارگيري علم امامت بهره برد.
علی بن یقطین از خواصّ اصحاب امام کاظم علیه السلام بود که در دستگاه خلافت هارون دارای منزلتی بس عظیم بود و شیعه بودن خود را از دیگران پنهان می کرد.
امام كاظم علیه السلام، على بن یقطین، را اجازه داد تا منصب وزرات را در روزگار مهدى عباسی وهارون بپذیردودرتوصیه هایی به علی بن یقطین فرمودند/ اى على! كفّاره و تاوان شما، خوبى كردن به برادران است،هر كس مؤمنى را شاد کند اول خدا را /دوم پیامبر را و در مرحله سوم ما را شاد كرده است شاید به یارى خدا بتوانى شكستها را درمان كنى و دست بینوایى را بگیرى یا به دست تو، مخالفان خدا در هم شكسته شوند.
سرانجام هارون الرشيد با جوسازي و دستگيري/ امام را بارها به زندان انداخت و چندين بار به ترور شخصیت حضرت اقدام نمود که هر بار ناموفّق بود.
رفتارحضرت درزندان در زمينههاي مختلف عبادي، تربيتي، ارتباط با ديگران، و تأثير بر دوست و دشمن چنان عميق و موثر بود که هارون نهايتاً دستور داد امام عليه السلام را در بيست و پنجم رجب سال 183 هجري قمري در پنجاه و پنج سالگي با خرماي زهرآلوده به شهادت رساند.
سعي فراوان دستگاه حکومتي هارون براي مخفي نگهداشتن شهادت امام عليه السلام و تلاش گسترده آنان براي عادي جلوهدادن مرگ حضرت، نشانهي پايگاه رفيع اجتماعي امام و وحشت عباسيان از اوست.
پيکر مطهرش پس از تحمّل سالها زندان بوسیله امام رضا(ع) غسل داده شد و در مدينه السلام در حاشيه بغداد دفن شد.
مزار شريفش مورد توجه عموم قرار گرفت و سالها بعد نوه بزرگوارش امام جواد(ع) در کنارش دفن شد و شيعيان دلباخته شهر کاظمین را در کنار تربت پاکشان تأسيس نمودند.
از امام موسي بن جعفرعلاوه برنسلی پاک وبابرکت/ شاگردانی عالم وسیره عملی/ درياي بيکراني از معارف اسلام در توحيد/ نبوت/ امامت/ معاد/ احکام و آداب تربيتي ـ اخلاقي در قالب هزاران حدیث به يادگار مانده است.